Στις 14 Σεπτεμβρίου 1986 δημοσιεύτηκε στα «Χανιώτικα Νέα» η πρώτη αγγελία: ένα καινούργιο φροντιστήριο άνοιγε στην οδό Δημοκρατίας 102. Το ίδρυσε η Στέλλα Αλιγιζάκη, φιλόλογος και ιστορικός, που είχε ήδη εκδώσει το 1982 τη μελέτη της για την επαναστατική προκήρυξη της 22ας Σεπτεμβρίου 1908 και την κρητική αυτονομία. Τα πρώτα χρόνια το έλεγαν «Το Θεωρητικό Φροντιστήριο των Χανίων».

Για πρώτη φορά εισάγεται η διαλεκτική ως τρόπος διδασκαλίας και προσέγγισης της γνώσης. Συζητήσεις, οργανωμένες πολιτιστικές δράσεις, διδασκαλία των μαθητών σε χώρους πολιτισμού, προσκλήσεις συγγραφέων και καλλιτεχνών στο μάθημα προβάλλουν μια νέα, εναλλακτική διδασκαλία, ιδιαίτερα του μαθήματος της έκθεσης. Τα πρώτα βιβλία της για τους μαθητές, η «Ιστορία» του 1986 και ο «Διαφωτισμός» του 1991, τυπώθηκαν εκείνα τα χρόνια.

Δέκα χρόνια μετά, το φροντιστήριο είχε ομάδες για όλες τις τάξεις και όλα τα μαθήματα της δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Η έμφαση έμεινε στη βιωματική μάθηση και στο να ενεργοποιείται ο μαθητής, όχι απλώς να παρακολουθεί.

Τα παιδιά έπαιρναν μέρος σε διαγωνισμούς Λογοτεχνίας και Αρχαίων και διακρίνονταν. Το φροντιστήριο συνεργαζόταν με πολιτιστικούς φορείς της πόλης, και οι μαθητές έγραφαν και εξέδιδαν δικά τους κείμενα. Από εκείνη τη δεκαετία είναι το φυλλάδιο «Σας οδηγούμε στην επιτυχία!», το βιβλίο του φροντιστηρίου και ο οδηγός για το μηχανογραφικό, όλα με τη μασκότ με το μολύβι.

Οι εκπαιδευτικές μεταρρυθμίσεις έφερναν συνεχείς αλλαγές στα προγράμματα, και κάθε φορά το φροντιστήριο ξαναέγραφε το δικό του. Τη φιλοσοφία της διδασκαλίας όμως οι μεταρρυθμίσεις δεν την άλλαξαν. Με το νέο σύστημα, μετά το 2000, βιβλία της Στέλλας Αλιγιζάκη για το Κρητικό Ζήτημα προτάθηκαν για τη σχολική διδασκαλία της Ιστορίας, και τρεις φορές στις Πανελλήνιες έπεσαν θέματα από δύο από αυτά: τη μελέτη «Η επαναστατική προκήρυξη της 22 Σεπτεμβρίου 1908» και το «Θέρισο».

Από το 2006 ως το 2010 η Στέλλα Αλιγιζάκη ήταν πρόεδρος του Συλλόγου Φροντιστών Χανίων και αντιπρόεδρος στην Ομοσπονδία Εκπαιδευτικών Φροντιστών Ελλάδος. Τότε οργανώθηκαν τα πρώτα σεμινάρια σπουδαστικού και επαγγελματικού προσανατολισμού στα Χανιά, ανοιχτά στους μαθητές όλων των φροντιστηρίων. Για τους μαθητές της Διαλεκτικής προστέθηκαν χωριστά σεμινάρια συμβουλευτικής και ψυχολογίας.

Όλοι οι καθηγητές του φροντιστηρίου διδάσκουν πια με τα δικά τους βιβλία, που εκδίδονται στην αρχή της σχολικής χρονιάς και δίνονται στους μαθητές με την εγγραφή τους.

Κάθε χρόνο επισκέψεις σε μουσειακούς χώρους και ξεναγήσεις: στο Αρχαιολογικό Μουσείο, στο Μουσείο Τυπογραφίας, στην οικία Βενιζέλου στη Χαλέπα. Οι μαθητές φωτογραφίζουν, κινηματογραφούν και γράφουν. Η διαλεκτική, ως μέθοδος και ως φροντιστήριο, ενθαρρύνει τη δημιουργικότητα· η μόρφωση προσφέρει χαρά, ομάδα και ευκαιρία έκφρασης. Στην πανδημία η διδασκαλία δεν σταμάτησε: τα μαθήματα συνεχίστηκαν από απόσταση, μέσω Zoom. Τον τρόπο αυτό τον χρησιμοποιούμε ακόμα σε διαδικτυακά μαθήματα.